이때 신청서에 요구하고 있는 배출시설 설치내역서 등 첨부서류중 설계 등이 이뤄지지 않아 당장 제출하기 어려운 서류는 추후 보완해 제출하도록 했다. 또 배출시설 허가(신고) 신청서 제출 농가는 지자체의 보완요구에 따라 6월 24일까지 적법화 이행계획서를 제출해야 한다. 적법화 이행계획서에는 건축법과 가축분뇨법 등 관련 법령상 위반내용, 위반내용 해소방안과 추진일정을 제시해야 한다. 이행기간 중 가축분뇨의 적정처리 방안도 포함해야 한다. 지자체는 제출된 적법화 이행계획서를 평가해 농가별로 적법화에 필요한 이행기간을 6월 25일부터 1년까지 부여하고, 축산농가가 적법화 이행과정에서 침범한 국공유지 매입 등에 시간이 추가 필요한 경우 등에 기간을 추가 부여할 수 있도록 했다.하지만 3월 24일까지 배출시설 허가(신고) 신청서를 제출하지 않은 농가는 무허가 축사 적법화를 위해 노력하는 농가에 해당하지 않다고 판단해 바로 ‘가축분뇨법’에 따른 사용중지 등 행정처분의 대상이 된다. 신청서를 제출한 축산 농가도 적법화 이행계획서를 제출하지 않거나 지자체가 부여한 이행기간 내에 적법화를 완료하지 못하는 경우에도 신청서를 반려하고 행정처분의 대상이 된다.환경부 등 관계부처는 신속한 행정절차 진행을 위해 행정지침을 지자체에 시달하는 한편, 관계부처가 공동으로 마련한 적법화 이행기간 운영지침의 법적 근거 마련을 위해 국회와 협의해 나갈 계획이다.또 중앙정부, 광역·기초지자체에 구성되는 합동 TF를 통해 불합리한 제도와 지자체의 가축사육제한 및 건축 조례 등을 발굴하고 전향적인 유권해석과 법령 개정을 추진한다. 무허가축사 콜센터를 운영해 합리적인 사유없이 적법화를 지연하는 지자체도 관리하게 된다. 관계부처는 이행기간을 통해 그간 적법화를 미뤄왔거나 관망중인 축산농가의 상당수가 적법화 절차를 진행할 것으로 기대하고 있다. 환경부 관계자는 “적법화를 완료한 축산농가가 법의 테두리안에서 가축분뇨를 적정하게 처리할 수 있도록 유도, 지원해 나갈 계획”이라며 “이를 위해 축산 환경을 근본적으로 개선하기 위한 종합대책도 관계부처 합동으로 6월말까지 마련하기로 했다”고 말했다.