보고서에서 4대강 사업전과 후 식물플랑크톤 밀도를 보면 사업 후에 전반적으로는 밀도가 감소했지만 낙동강 상류지역의 4개 보와 영산강의 2개 보에서는 증가한 것으로 나타났다. 또 사업 후 여러 지점에서 규조류에 비해 남조류의 상대적 우점도가 증가했다.4대강 사업 전인 2000~2009년까지 10년 대비 사업 후 2년(2012~2013년) 동안 한강, 낙동강, 금강 본류에서는 전반적으로 클로로필(Chl-a) 농도는 감소했거나 또는 유사하게 유지됐다. 하지만 낙동강 상류 4개보(상주, 낙단, 구미, 칠곡)와 영산강 2개보(승촌, 죽산)에서는 증가했다. 이 의원은 “녹조관련 R&D 비용 증가는 4대강 사업이후 급증한 녹조현상의 심각성을 반증하는 것”이라며 “4대강 사업이 없었으면 다른 분야 R&D에 사용됐을 예산이 불필요하게 사용되고 있는 것” 이라고 지적했다.